掲題のとおりです。
タイトルの通りです。
お手数ではありますが、ご回答よろしくおねがいします。
もしサポート範囲外なら、回答できないと回答していただいて結構です。
何卒宜しくお願いします。

◆理想状態
Sotaシステムアップデートを人を介在しないで実施したいです。

◆前提理解
現状、Sotaシステムソフトウェアのアップデート作業は「手動で」のみ実施可能である認識です。
下記の記事を参考にしました。
https://www.vstone.co.jp/sotamanual/index.php?%E3%82%B7%E3%82%B9%E3%83%86%E3%83%A0%E3%82%BD%E3%83%95%E3%83%88%E3%82%A6%E3%82%A7%E3%82%A2%E3%81%AE%E3%82%A2%E3%83%83%E3%83%97%E3%83%87%E3%83%BC%E3%83%88

◆質問
①こちらをプログラムで自動化することは可能でしょうか。
②もし①が可能な場合、具体的な実施手順をご教示いただけないでしょうか。
③もし①が可能な場合、予想される懸念点・留意事項はございますか。
※Sota端末は拠点内の高速ネット回線に接続され常時オンラインであるとします。

◆経緯
遠隔地に設置されているSota端末のシステムアップデートを適用したいニーズがあると考えます。
可能な限り、下記（１）（２）のような手間を避けたく、Sotaシステムアップデートをプログラムで自動化し運用工数を削減したい次第です。
・（１）遠隔地にいるエンドユーザー（拠点で作業するパート従業員など）にシステムアップデート作業を実施していただく運用
・（２）現地に自社サポートエンジニアを派遣しシステムアップデート作業を実施する運用

◆想定しているフロー
おおよそ１日２回の頻度で任意のタイミングでシステムアップデート有無を確認するバッチを定期実行します。具体的には以下です。
・もしシステムアップデートがあればアップデートを適用し、適用完了後にJavaアプリを起動する。
・もしシステムアップデートがなければ何もしない。

dev様

お世話になっております。Sotaサポートです。

Sotaのアップデートは、opkgでvsmd-edisonのパッケージを更新する操作を内部的に行っております。
opkg updateで最新のリポジトリを取得し、opkg list-installed|grep vsmd等で現在インストールされているバージョンとの差分を取ってアップデートチェックするといった方法が考えられます。
新しいアップデートが見つかった場合は、opkg install vsmd-edison等のようにopkgでvsmd-edisonのパッケージを更新することでアップデート適用と同じ状態になると思われます(念のため本体の再起動も必要)

なお、具体的な実装手順につきましては想定される運用・アプリの仕様などにより異なるため、上記以上の情報はお答えいたしかねます。
また、懸念点として通常のアップデートと異なる方法によるため、コマンドを間違える等によりアップデートが行われない(更新失敗)、目的以外のパッケージも含めて更新されてしまうといった懸念は考えられます。
Sotaはopkg upgradeで各種パッケージを更新することで、従来のアプリが正しく動作しない状態になってしまう可能性もあります。

ただ、ここ数年の実情より、今後もアップデートの頻度につきましてはかなり低いと思われるため、

Sotaサポートさま

ご回答ありがとうございました。
opkgコマンドでアップデート有無を確認可能な認識です。
具体的には、試験Sota端末で試験的にシステムアップデートをしてアプリへの影響確認をした上で、アプリへの問題がなければアップデートを適用するような運用にしたいと思います。

※追伸
サポート様回答末尾の「ただ、ここ数年の実情より、今後もアップデートの頻度につきましてはかなり低いと思われるため、」とありますが、まだ回答途中でしょうか。回答完了したのでしょうか。

dev様

お世話になります。Sotaサポートです。
先の回答末尾の「ただ、ここ数年の実情より、今後もアップデートの頻度につきましてはかなり低いと思われるため、」の箇所は、返答時に削除する想定でしたが意図せず含まれてしまいました。
こちらは「アップデート頻度は今後も低いことが予想されるため、実装することによる効果は期待するほどではないかもしれない」という内容をお伝えする意図があったもので、技術的な難易度等には特に関係ありません。