いつもSotaを使わせていただいてます。
さて、本題に入りますが、現状VstoneMagicの命令ブロックを見る限り命令ブロックで目の色だけ（Led）を変更するというブロックはないのでしょうか？
自分が見つけていないだけかもしれませんが、あるのなら教えてほしいです。
今、自分では見つけられていないので、私が自分でVstoneMagicでコードを書くときは、20msecだけデフォルト位置で目の色だけを変更するposeブロックをで実行してその後、やりたいモーションをposeブロックで実行後（目の色は変えたまま）、最後にまた20msecだけデフォルト位置で目の色をもとに戻すということをやっています。
なので、例えばですが右手を挙げておろすというモーションを行う際にはposeブロックを4つ使っている形になります。
Javaで書く際も、目の色を変える際は、
pose = new CrobotPose();
pose.SetLed(Byte[] Short[]);
motion.pray(pose, 20);
のように記述しています。
正直なところJavaだとさほど面倒ではないのですが、VstoneMagicだとこのような動作が少し面倒なので、Ledだけの変更ができる命令ブロックと、Poseだけの変更ができる命令ブロックがほしいです。
あと、別件で我が儘かもしれませんが、もう少しjavadocの記載内容（メソッドの説明）がほしいと感じました。
要望をいくつも重ね重ねしてしまい申し訳ございませんが、何卒よろしくお願いします。
以上です。失礼します。

ごめんなさい。半分自己解決しました。Ledだけ変更をかける場合は、各モーターについているチェックボックスをなくせばいいのですね。
失礼いたしました。